Šakių rajono Nevyriausybinių organizacijų taryba vykdo nevyriausybinių organizacijų, registruotų Šakių rajone ir turinčių nevyriausybinės organizacijos statusą pagal Lietuvos Respublikos nevyriausybinių organizacijų plėtros įstatyme nustatytus kriterijus, registraciją.